باشهادت امام رضا (ع)در سال۲۰۳هجری قمری پیکرپاک آنحضرت را درکنار قبر هارون الرشید که به بقعه هارونی مشهور بود بخاک سپردند . این عمارت در میان خانه باغ بزرگ و مصفایی قرار داشت که محل حکمرانی مالک آن “حمید بن قحطبه طایی”والی توس بود در عصر سامانیان افرادی همچون عمید الدوله فاق و ابوبکر شهرمرد به باز سازی این بقعه کمر همت بستند پس از آن نیز در سالیان بعد در زمان سلطنت سلطان سنجر سلجوقی توسط “شرف الدین ابوطاهر قمی” و در دوره خوارزمشاهیان و تیموریان نیز اقداماتی در راستای بازسازی و تکمیل تزئینات حرم مطهر انجام گرفت.در زمان خوارزمشاهیان(۶۱۲ه ق)کتیبه کاشی خشتی زیباییی بخط ثلث برجسته بر روی دیوار دو طرف در ورودی حرم از جانب رواق دارالحفاظ نصب شد که بر آن نام و نسب حضرت رضا(ع)تاحضرت امیر المومنین علی (ع)ذکر شده است.
چند کتیبه و سه محراب دیگر نیز مربوط به این دوره است که در مجموعه ابنیه متبرکه موجود میباشد. حرم مطهر ،تقریبا به شکل مربع بوده و است ضلع جنوبی حرم (پیش روی مبارک)ضلع شرقی(پایین پای مبارک)ضلع شمالی(پشت سر مبارک)ضلع غربی (بالای سر مبارک)نامیده میشود. دیوارهای حرم تا ارتفاع ۲۰سانتی متر با سنگ مرمر پوشیده شده است و بالای آن به ارتفاع ۹۲سانتی متر با کاشی های بسیار گرانبها و ارزشمند مشهور به سلطان سنجری مزین شده است بر روی این کاشیهای نفیس آیات قرآن واحادیث معصومین(ع)با خطوط رقاع وثلث ونقشهای اسلیمی برجسته دیده میشود. کتیبه بسیارمهمی که بچشم میخورد زیرگنبد برسردیوارهای حرم است وحرم مطهر را دورمیزند این کتیبه۸۰سانتیمتر عرض دارد سوره مبارکه جمعه باخط ثلث جلی نوشته شده است که اثرخطاط مشهور دوره صفوی”علیرضا عباسی“است. بنای دارالحفاظ دارالسیاده ،تحویل خانه یا خزانه و مدرسه های پریزاد ،دودر،بالاسر نیز از یادگارهای دوره تیموری وجامع گوهرشاد که متعلق بسال۸۲۱ه ق است وبانی آن”گوهر شاد آغا “همسر”شاهرخ تیموری میباشد.
دردوران صفویه حرم مطهر براثر هجوم ازبکها موردغارت قرارگرفت و درزمان سلطنت سلطان حسین بایقرا (۹۱۲-۸۷۵ه ق)امیرعلی شیر نوایی صحن کهنه راتوسعه دادوایوان طلا را بمجموعه افزود. شاه طهماسب صفوی مناره نزدیک گنبدرامرمت وطلا کاری نمودودرسال ۹۳۲ه ق خشتهای نفیس کاشی روی گنبدرا بخشت های طلا بدل ساخت درقرون بعد نیز حرم مطهر دستخوش تحولات و تغییرات بسیاری گردید.حمله سربازان روسی به این مکان موجب وارد آمدن صدمات بسیاری گردید تعمیر و بازسازی بخش های صدمه دیده به دستور “حسین میرزا نیر الدوله “والی خراسان صورت گرفت.
در سال۱۳۱۴بدنبال اجرای دستور کشف حجاب،مردم مشهد درمسجد گوهر شاد و رواق های آستانه به تحصن پرداختند موردهجوم سربازان رضا شاهی قرار گرفتند. ولی الله اسدی نایب التولیه وقت نیز در این حادثه تیر باران شد .امروزه آستان قدس رضوی علاوه برنگهداری از بناهای کهن اقدام بساخت بناهای دیگر نیز نموده است.
